Yak and wild yak mtDNA tree Build 1 (Jun 1, 2014)
Nucleotide position numbers are relative to the GQ464259. Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 893-16322) are shown in black; control region mutations (np 1-892) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the GQ464259 are indicated with the prefix @.
"R" and "Y" specify the heteroplasmic status of A/G and C/T at a certain site, respectively.
Deletions are indicated by a "d" after the deleted nucleotide position.
Insertions are indicated by a "+" followed by the position number and type of inserted nucleotide(s).
The length variations in the C tract scored at np 751 (751+C, 751+2C) and 892 (881G, 892+C, 892+2C, 892d, 892+GGTGGG) were not considered for phylogenetic reconstruction and were therefore excluded from the tree.
GQ464260 appears remote to ABCD and serves as an outgroup sequence which is excluded from the tree.
mt-MRCA
　
AB 187 248 255 275 292 308 309 316 325 355 390 391 500 538 693 696 719 730 810 1612 2629 3498 3676 5390 6491 6761 6764 7409 7941 7950 8400 8481 8484 8523 8875 8938 10477 10498 10534 12314 12323 12383 12823 13086 13530 13786 14675 15287 15398 15503
　 　
A 295 8382 15089
　 　
　 A1 160+A 256
　 　 　
　 　 A1a 4895 7808 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464271 GQ464274 GQ464277 GQ464285 GQ464308
　 　 　 　
　 　 　 A1a1 248 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464281 GQ464301 GQ464312
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 249 253 8247 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464275
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 313 390 11900 12454 14244 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464283
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 508 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464302
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 708 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464299
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 9033 14049 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464309
　 　 　 　 　
　 　 　 A1a2 314
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 @327 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464279
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 761+A 12182A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464292
　 　 　 　 　
　 　 　 A1a3 333
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 282d 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464289
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 4381 5926 8968 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF494179
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 6929 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464295
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 538 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KJ463418
　 　 　 　 　
　 　 　 A1a4 @160+A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464273
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 159 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464294
　 　 　 　 　
　 　 　 　 266 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JQ846020
　 　 　 　 　
　 　 　 　 538 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464290
　 　 　 　 　
　 　 　 　 2029 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464263
　 　 　 　 　
　 　 　 　 9764 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464307
　 　 　 　 　
　 　 　 　 10507A 15824 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464305
　 　 　 　 　
　 　 　 　 9342 12672 14606 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464280
　 　 　 　 　
　 　 　 　 505G 3130 7484 10176 10251 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JQ692071
　 　 　 　
　 　 A1b 172 745 7598 13308
　 　 　 　 　
　 　 　 A1b1 163 4780 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464298
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 284 12675 13062A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464306
　 　 　 　 　
　 　 　 　 11678 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464282
　 　 　 　
　 　 A1c 111 10820 11231 13867 14534 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464254
　 　 　 　
　 　 　 4689 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464255
　 　 　
　 A2 333 2302 10588 14241
　 　 　 　
　 　 266 15619 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464246 GQ464264
　 　 　
　 　 281 11699 13110 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464247
　 　
B 15833
　 　
　 B1 2866
　 　 　
　 B1a 266 397 4258 10075
　 　 　
　 　 B1a1 247
　 　 　 　
　 　 　 B1a1a 1696 14903
　 　 　 　 　
　 　 　 　 B1a1a1 8999
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 B1a1a1a 9140
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 355 2220 6106G 7808 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF494178
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 11137 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF494177
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 6512 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464268
　 　 　 　 　
　 　 　 　 248 318 708 12270 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464314
　 　 　 　
　 　 　 B1a1b 11939 15344 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464248
　 　 　 　
　 　 B1a2 390
　 　 　 　
　 　 　 　 305 15684 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464258
　 　 　 　 　
　 　 　 　 396 1480d 5400 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JQ437480
　 　 　 　 　
　 　 　 　 7220 10879 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464297
　 　 　 　
　 　 　 267 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464286
　 　 　
　 　 　 896 5177 12208 16029 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464256
　 　 　
　 B1b 328 5423 15074
　 　 　
　 　 B1b1 15397 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464270
　 　 　 　
　 　 　 10477 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464272
　 　 　
　 　 11330 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464252 GQ464253
　 　
　 B2 327
　 　 　
　 　 160+A 3877 4823 6971 9730C 10504 10820 14094 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464265
　 　
　 　 5015 8556 13113 15093 15719 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464259
　 　
　 B3 248 314 390 696 708 3970 7469 7808 7917 11291 15959 16088 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464266
　
CD 135 142 193 987 1082 1656 2007A 2398 2647 2852 3502 4881 5693 5748 6500 6866 8415 8577 8848 9756 10083 10338 10645 10824 11315 11711 12131 12252 12320 12675 12804 14645 15332 15419 15950
　 　
C 117 220 249 333 3760 7271
　 　 　
C1 110T
　 　
　 C1a 4493 11635 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464303
　 　 　
　 　 C1a1 12714 15034 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464269 GQ464278
　 　 　 　
　 　 　 　 5484 5801 14921 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JQ846021
　 　 　 　
　 　 　 11084 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464287
　 　 　 　
　 　 　 440 4529 9161 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464284
　 　 　 　
　 　 　 131 3853 15336T 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464300
　 　 　
　 C1b 218T 4421
　 　 　 　
　 　 　 34 8821C 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JQ846022
　 　 　 　
　 　 　 486 2694A 13569 14636 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464250
　 　 　 　
　 　 　 1970 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464261
　 　 　
　 　 423 13146T 15441 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464293
　 　
C2 1147 5222 7836
　 　
　 　 3099 10453 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464262
　 　
　 　 8256 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464257
　
D 310 @7409 11554
　
D1 8655
　 　
　 6960 7424 15242 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464296 GQ464291
　 　
　 333 10537 15294 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464304
　
D2 333 @355 4525 6485 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ464249