Pig and wild boar mtDNA tree Build 1 (Jun 1, 2014)
Nucleotide position numbers are relative to the EF545567. Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 1255-16690) are shown in black; control region mutations (np 1-1254) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the EF545567 are indicated with the prefix @.
"R" and "Y" specify the heteroplasmic status of A/G and C/T at a certain site, respectively.
Deletions are indicated by a "d" after the deleted nucleotide position.
Insertions are indicated by a "+" followed by the position number and type of inserted nucleotide(s).
Undetermined mutatiions are noted by "N".
The phantom mutation 6261d is shown in parenthesis.
Repetitive and difficult-to-align region np 700-921 is not considered.
The length variation in the  A tract scored at np 142 (135+C, 136+A, 136+CA, 137C, 142+XA) and the  A tract scored at np 1638 (1638d,1638+A), and the mutation 691 were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
EF545592 appears remote to AE and serves as an outgroup sequence which is excluded from the tree.
Accession numbers of sequences are in bold for wild boar.
mt-MRCA
　
A 322 389 1175 1225 1304 1639 1990 2335 3088 3999 4342 4369 4711 4846 5369 5873 6092 7009 7108 7447 8498 8773 9157 9789 9837 10529 10816 10944 11071 11366 12109 13581 13997 14399 14738 14839 14998 15151 15277 @15337 16492
　 　 　
A1 3064 5636
　 　 　
　 A1a'b 4939 5463A 5753 6296 6970 7513 9156 14639
　 　 　 　
　 　 A1a 180 305 451 500 1412 2339 4015 4459 5628 5672 5708 7339 7669 7837 8017 9435 10070 10100 10680 11184 11259 12649 13049 14213 15685 16111 16258
　 　 　 　 　
　 　 　 D 240 1315 5797 6164 6952 11944 15025 15721 16292
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 D1 500 2374 11432 12064 16301
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D1a 14198
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1a1'3 278
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1a1 451 15220
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 D1a1a 240
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 181 3798 9699 10680 14639 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545577
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 7081 8291A 8292 10762 13803 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545590
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 D1a1b 559 
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 12061 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486873
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 389 1167 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC493608
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 D1a1c (6261d)
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 @278 @451 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486860
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 180 10043 AF486863
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 5430T 5745 12085 14908 AF486862
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 62 180 390 5066  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486865
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 4858 @14198 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486871
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 386 11665 13830 14405 14697 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486864
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 9625 AF486872
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 5471 12241 14312 15772 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486874
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 276 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545593
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 247 3571 5927 10977 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JN601070 JN601071
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 5471 14312 15772 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JN601074
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 390 473 2514+A 7291 9625 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486855
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 5430T 5745 9727 12085 14642 14908 16219 16292 16313 16393 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC493609
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 61 386 939 1057 1675T 2735 3457+C 5597 6449d 7507 9119d 9195 11401C 11665 11831 12374 13830 14405 14877 15002 15626 16489 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF971862
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 7321 9288C 14476 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF472179
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 1167 11555 16042 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC505408
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 3048 4429 8491 14710N 16594 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545591
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1a3 8071 9209 10616
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 D1a3a 240 5449 10740 15767 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545581
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 180 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545582
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 559 4043 9090 9373 14862 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545583
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1a2 240 
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 639 6958 8282 10704 11402 11414 @12064 12241G 12692 13337 16492 16681 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ220329
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 4484 6643 13404 14618 15770 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF601700
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1a3 11414
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1a3a 2424 
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 D1a3a1 240 13694
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 @500 3090 @16301  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC505406
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 442 16042 16219 16292 16393 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC505407
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 7777  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486859
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 169+T 7486 14216 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC493610
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 639 660 5006+T 13337 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC505409
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 964d 4483 11414 16042 16051 16144A 16166 16219 16292 16313 16393 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC493611
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 247 1175 2548 11414 13694 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC493607
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D1b 404 3434 9372 13472C
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1b1 8267
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 1107+TAAAACACTTA 15329C 16095 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC250274
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 1313 6988 8545 16552 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JN601075
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 1107+TAAAACACTTA 12580 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF767443
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 180 1107+TAAAACACTTA 5669 14341 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF888634
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 559 3357 7151 8935 10466 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545576
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 4591 11000 15850 16317 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545575
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D1c 442
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1c1 9699
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1c1a 181 559 10493
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 3048 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545589
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 240 300 14507 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486861
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1c1b 4558 7534 9902 15614
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 D1c1b1 (6261d) 
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 278 9047G 9424 14088+A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486868
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 240 @442 6296G @9699 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AB298688
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 1175 14063 14351  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545587
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 240 3971 (6261d) 9136 15850 15886 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486867
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 305 4831 5188 5417 8114 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545574
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 240
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1d 4228 8860 8932 10161 12331 15485 16511 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545569
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1e'g'h 559
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1e 300 8135 11014A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545570
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 7033 7702 8207 9953 15527 15595T 15998 16285 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF660222
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 12782 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486857
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 8207 15998 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF472178
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 　 1391 7843 8698 14594 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486870
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1g 2065T 4831 10810 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545588
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D1h 278 389 9788 12046 13399 14862 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545578
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D1f 299 10354 13202 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545580
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 1906 2182 6179 6829 7138 8860 9132 12313 15485 16291 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AF486856
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D1i 6539 7289 8701 8774 10243 11414 12892 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545579
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 D2 4471 8581 15337 15838
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 583 6300 11597 14558 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545573
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 2065C 3594 14710 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545567
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 1990 6077 8011 9542 14205T 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC493612
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 D3'4 451
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D3 240
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D3a 278 1311 5393 5435 7309 7468 7540 7615 8686 11539 11552 15154 15850 16468
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 D3a1 10030 15634
　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 D3a1a 3565+T 6841 KF752550
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 573d 15770 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC505410
　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 　 8533  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545572
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　 3565+T 7688  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF472177
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D3b 239 559 1199A 6442 6961 8590 8875 12805 13115 13131 13304 13632 14862 15379 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU147934
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D4 3099 7559 12241G 
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D4a 24 181 213 559 3568 5409 5417 5516 6262 7886 8211d 10150 11070 12760 14676  AF486869
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 1103 4030 9058 14594 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GQ220328
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 D4b 240 2340 8344 13550 14955 15232 14594 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545584
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 A1a2 213 442 559 1412A 2338 4606 5984 6850 8967 11134 11276 13220 13236 14249 14312 14370 14459 16120 16270 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545571
　 　 　 　
　 　 A1b 109 213 323 386 534 583 1446 2241 2372 3880 5435 5465 5648C 7159 7798 7825 8551 9022 9343 9346 9699 10020 10691 12169 13051 13391 13674 14523 14568 14738 14774 15301T 15640 15749 15862 16036 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545586
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 213 278 321 323 386 387 390 405 442 559 980 1178 1224 1248 1275+T 1628 1638+A 2383 3862 3880 4036 4090 4210 4393 5001+G 5465 5875 7264 7585 7798 8074 8365 8449 8551 8755 9187 10340 11776 12085 12142 12169 13056 14738 15551 16036 16291 16504 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC505411
　 　 　
　 A1c 90 278 300 301 322 390 534 541 574 656 950T 1087+2ACAAACCAC 1175 1834 1906 2514+A 2726 3102 5405 @6164 6582 6925 7465 7540 8398 8668 9052 9309 9414 9480 9699 9727 9822 10205 10457 11174 11279 11341 11411 11735 12787 12909 13159 13175 13227A 13460 13781 14369 14540 14541 15700 16036 16400 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF375877
　 　
A2 213 278 442 559 1253 3772 6859A 9286 9917 12909 12959 13667 
　 　 　
　 157 @500 636 952 1199A 4393 5288 5417 5495 @5672 @6164 6805 6841 9438 9775 10658 11231 11433 12061 12241 12301 13643 14312 14370 16132A 16252 16255 16552 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545585
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 239 @451 461 541 639 1717 4063A 4369 5564 6077 6802 8229 8359 8713 9217 11154 11414 11980 12442 12929T 13560 14205 14956 15694 15784A 16018 16136A 16610 @16258 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EF545568
　
E 109 131 137C 142+XA 144 152 157 293 574 1168 2064 2071 2613 3102 3366 3451 3640 3873T 4030 4081 4420 4438 4489A 4737 4754 5168T 5207 5552 5678 5880 5963 6138 6171 6298 6508 6925T 7022 7321 7486 7750 8371 8413 8605 8713 8743 8761 9058 9225 9234 9553 9752 9973 10484 10517 10753 11018 11162 11189 11289 11372 11683 11786 11830 12241 12298 12370 12469 12518 12583 12675 12958 12962 13433A 13605 13838 14209 14313A 14561C 14812 14947 15109 15127 15362 15625 15661 15961 16294 16297 16358 16456 16552 16564 16608
　 　
E1 5948
　 　 　
E1a 9605 @9837 13478 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ237000
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 E1a1 124T
　 　 　 　
　 　 E1a1a @180
　 　 　 　 　
　 　 　 E1a1a1 @10517
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 E1a1a1a 4297
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 @322 461G 13253 13994 16010A 16339 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003428
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 4483 @6138 7160 7417A 13307 14742 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JN601072 JN601073
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 @3640 14763 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JN601068 JN601069
　 　 　 　 　
　 　 　 　 278 4748 9699 @10484 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236998
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 11176 15209 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236997
　 　 　 　
　 　 E1a1b @4471
　 　 　 　
　 　 　 E1a1b1 278 1246 11327 13113
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 949 @10517 16330 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC250275 KF569218
　 　 　 　 　
　 　 　 　 6787 9412 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236996
　 　 　 　
　 　 　 E1a1b2 @10517
　 　 　 　
　 　 　 E1a1b2a 949 
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 14477T 15333 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 JN601066 JN601067
　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 3962 7312T 10797 13084 16131 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF767444
　 　 　 　 　
　 　 　 　 1254+A 4860T 6688 6856  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KC469587
　 　 　 　
　 　 　 　 @305 5770 11966 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236994
　 　 　
　 E1a2 7234 9149 13307 14361 14495 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ237003
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
E1b 386 8442 10478 11537
　 　 　
　 E1b1 5187 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ237002
　 　 　 　
　 　 13158 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ237001
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 E1b2 10845 11776 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236999
　
E2 9252 10365 15973
　 　
110 278 279 1272 7759 9345T 15565 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 EU117375
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
14725N 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236993
　
1969 10358 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236992
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
5358T 10899 15996 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236991
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
@3640 9601 11186 13166 14003 16520 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 FJ236995