mtDNA haplogroup tree of goat. (Jun 1, 2014)
Nucleotide position numbers are relative to the GU068049. Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 1-15430) are shown in black; control region mutations (np 15431-16642) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the GU068049 are indicated with the prefix @.
"R" and "Y" specify the heteroplasmic status of A/G and C/T at a certain site, respectively.
Deletions are indicated by a "d" after the deleted nucleotide position.
Insertions are indicated by a "+" followed by the position number and type of inserted nucleotide(s).
Undetermined mutations are noted by "N".
Repetitive and difficult-to-align region np 15973-15977 is not considered.
The hypervariable mutation 16345 was not considered for phylogenetic reconstruction.
The length variations scored at np 177 (177-178d),180 (180T) and 181 (181A) were not considered for phylogenetic reconstruction and were therefore excluded from the tree.
mt-MRCA
   
A 1850 2208 3195 3469 5602 7840 8056 8079 8960 9827 10639 12383 13741 13756 14746 15004 15543 15616 15631 15636 15637 15728 15807 15843 15920 15930 15950 15969 15981 16006 16010 16019 16027 16040 16045 16232 16477 16514
   
A1 196
     
  A1a 3634 8759 10433 11128 14497 15767 15980 16019 16027 16083 16363
       
    A1a1 5725
         
      A1a1a 6894 15602 15616 15636
           
          @13034 15810 15930 16150                                     KJ192218
                                                                             
          15843 15981                                    KJ192219
                                                                               
        @196 1912 14053 15870 16504+C                                                                                                      KJ192226
           
      7025 8070 9369C @10028 15616 15636 15870 16001 16045                                                                                                 KJ192227
         
  A1b 7214
       
    A1b1 2971 9738 14865 
         
      A1b1a 1237+A
           
          5580Y 11128 12362 15616 15636 @16028                                 KJ192217
                                                                               
          10028N 11062N 15811 15887 15920 15950 15981                                                                                                    KJ192234
         
        11128 15616 15636 15920 @16028 16440 16447                                                                                                      KJ192235
       
    A1b2 7118 15888 
         
      1156 4084 4564 7589T 8571 9224 10729 11128 13390 16010 16019                            KJ192230
                                                                                                                   
      3108 3396 6109 6523N 7185 11062N 13663 15930 16232 16281 16504+C 16538C                                                                                             KJ192231
         
    2120 3892 4033 9308 11128 11258 15616 15636 15749 15898 16477                                                                                                       KJ192216
   
A2 15811
     
  A2a 2190 15833 15873 15969 15978 16045 16638+T
       
    A2a1 15616 15636 
         
        9860 15055                                                                    KJ192211
                                                                                       
        7723 10028N 12764 15622 15686 16062                                                                                                       KJ192210
       
      3240 8604 9257 9860 11128 12158 15836 15898 15930 15967 16003 16021 16119                                                                     KJ192209
                                   
  A2b 4333 10945 15969 16043
       
    A2b1 8735 14617 15728 
       
      A2b1a 8134 9015 10391 11128 11624 12566 14917 15981 16010
           
          16262         KJ192220
                                                                                                             
          @6523 14756S 15295 15616 15636                                    KJ192221
                                                                           
        605 2619 2767 7451 10945N 11062N 11567+A 15759 15893                                                                                                    KJ192232
       
    A2b2 11128 15616 15636 16026 
         
      A2b2a 4587 12659 15534 15821 16010
         
        8939 9083                                    KJ192212
                                                                               
        6700 11835R 15950                                                                                                     KJ192213
           
      A2b2b 6112 14479A 16027 
       
        7727C 10145 15873 15984                                  KJ192222
                                                                             
      1932K 3444R 10493 12320M 15873                                                                                                        KJ192223
     
  A2c 11128
       
    A2c1 15920
         
      A2c1a 5731 6187 8915 @15811 15921 15972 @16000 16045 16458 16504+C
           
          6513C 15912                              KJ192224
                                                                                       
          3345 9221                                                                                                 KJ192225
                 
      A2c1b 11374 13714 15981 16303
           
        8586 9863 12404 15616 15636 15896    KJ192214
                                                                                                               
        4606 7792 9618A                                      KJ192215
                                                                           
      2312 13034N 13945 15616 15842 16021 16232                               KJ192229
                                                                                 
      1671 3040 10723C 10726 11128N 13166 15759 15983 16019                                                                                                     KJ192228
     
  A2d 8596 9065 15616 15636 15930 15950 15978 15981 15982 15994 16038 16151 16504+C   KJ192233
                                                                                                         
A3 4942 6523 10028 11062 12380 13034 16000 16028 16066                                                                                                           GU068049
 
B 205 1120+C 4033 6097 7053 7343 7661 7886 8481 8636 8731 8819 9011 10480 10687 10814 11128 11365 11691 11702 11872 13100A 13178 13280 13286 13681 13762 15220 15893 15913 15947 15965 15982 16011 16037 16083 16458
   
  7301 9673 11173 12584 14728 14873 15833 15864 15967 15983 16281      KF952601
                                                                                                                 
  2850 8704 11567+A 13964 14461 14795 15747 15992 16485 16504+C                                                                                                         GU295658
 
C 165 213 944 1026 1114 1118-1119d 1192 1369 2886C 3003 3132 3294 3600 3771 4570 4627 4708 4714 4891 5713 5776 6031 6094 6325 6391 6415 6538 7118 7658 7918 8114 8265 8301C 8487 8852 9062 9112 9206 9347 9548 9600 9995 10107 10303 10357A 10450 10546 10564 10951 11074 11128 11257 11569 11957 11969 12146 12314 12362 12386 12539 12626 12638 12791 13001 13157 13292 13502 14044 14290 14386 14518 14527 15053 15554 15662 15675 15689 15699 15744 15763 15771 15797 15822 15862 15864 15866 15870 15909 15983 15984 15994 @16000 16003 16022 16026 16038 16043 16084C 16150 16151 16325 16363 16376 16440 16448 16460 16495 16504+C KJ192236