Chicken and red junglefowl mtDNA tree Build 1 (Jun 1, 2014)
Nucleotide position numbers are relative to the AP003321. Mutations are transitions unless an exact base change is specified.
Coding region mutations (np 1233-16785) are shown in black; control region mutations (np 1-1232) in blue.
Mutations toward a base identical-by-state to the AP003321 are indicated with the prefix @.
"R" and "Y" specify the heteroplasmic status of A/G and C/T at a certain site, respectively.
Deletions are indicated by a "d" after the deleted nucleotide position.
Insertions are indicated by a "+" followed by the position number and type of inserted nucleotide(s).
The length variations scored at np 859 (859d) and around 3941 (3946+C,3946+CC,3946+CCC, 3945d,3946d) were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree.
Accession numbers of sequences are in bold for red junglefowl.
mt-MRCA
　
ABZY 3837 9602
　 　
Y 197 270 281 391A 1587 3514 3898A 6252 6965 7370 7868T 7964A 8597 12491 12557 12593 14301 14331 15292 　 　 　 　 　 　 GU261693
　 　
ABZ 243 261
　 　
　 Z 306 889 1385 4451 4829 10300 11684 11979 15976 16269 16356
　 　 　
　 　 391A 7370 10833 15030 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261674
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 199 291 3514+C 8358 12429 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261696
　 　
　 AB 256 310 11007 16596
　 　 　
　 A 167 225 2071 9806 10447 12104 12689 12961 16263 16371
　 　 　
　 A1 16356
　 　 　 　
　 　 A1a 3125 8612 12054 14232T
　 　 　 　 　
　 　 　 　 9484 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261684
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 256 391A 11103 15088 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261700
　 　 　 　
　 　 　 396 2295 15958A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261695
　 　 　 　
　 　 355 686 5688G 13229 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AB086102
　 　 　
　 　 240 13351 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF981434
　 　
　 B 212 246 315 1215 1699C 2209 5106 5832 10270 13884
　 　 　
　 B1 10669
　 　 　
　 B1a 792
　 　 　 　
　 　 　 296 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261714
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 686 3098 15652Y 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261705
　 　 　 　
　 　 　 256 4805 9313 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261699
　 　 　
　 　 223 296 2792A  　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261704
　 　 　
　 B2 15693T 15875 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003321
　 　
CD 281 306 5724G 15409
　 　
C 363 3900 7886 8223 9042 9440 14399 15211 15331 15400 15706 16257
　 　 　
　 C1 242 @261 @306 367 2885+C 3269A 5700T 5960 6236 7214 15391
　 　 　
　 C1a 9848 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261675
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 248 @281 342 6112 6890 11531 12057 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261681
　 　 　
　 C1b 342
　 　 　 　
　 　 　 3157 7715 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261718
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 391 13783R 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261679
　 　 　
　 C1c @212 14208 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261701
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 C2 @281 342 362 1264 1588 2876 3514+C 7268 8059 9556 11064 11695 12135 12644 12864 　 　 　 　 　 　 　 GU261680
　 　
　 C3 177T 265 10279 12557 14010 14734
　 　 　
　 342 686 2385 3838 7101 7589 9407T 11023 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261716
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 1786 2830 2963 4382 11422T 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261707
　
D 2595 11693
　 　
　 D1 4291 4772 8642
　 　 　 　
　 　 D1a 342
　 　 　 　 　
　 　 D1a1 11381G
　 　 　 　 　
　 　 　 　 296 686 11447 12215 @15875 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003322
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 8192 10107 11465 11636 14514 15615 16466 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003323
　 　 　 　
　 　 D1a2 6236 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261687
　 　 　 　
　 　 　 220 344 9550 16674A GU261682
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 7011 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 KF939304
　 　 　
　 D2 1762 2942 3480 6758 7031 7155 10697 12539 13722 15229A 15545 16447 GU261683
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 D3 15235
　 　
　 D3a 4572 9461A 13737 15391 16356
　 　 　
　 　 @281 6738 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261697
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 210 221 342 2361+C 4586 5557 5690 10620 12143 15606Y 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261685
　 　
　 D3b 220 @281 302 391A 5381 10170 11260 12678 14468 15403 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261677
　 　
EFGHIWZ 446 9542
　
I 171 207 @212 221 229 @246 322A 354 362 363 391 521 686 2275 2768 4598 4607 4874A 5840C 6011 6194 7022 7364 7769 7979 8141 8192 8444 9184 9347 11024 13779 14208 15403 16103 16257 @16596 16676 GU261698
　
EFGHWX 4586 6905 8618 10081 11973
　 　
H 198 199 281 306 363 391 2799 5875 6041 6095 7292 14802 16356 16397 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261715
　 　
EFGWX 1214
　
WX 363 417
　 　 　
W 133 167 @310 391 521 4095 4457 @6905 7181 7577 7715 7739 10432 11603 11708 11732 12003T 12191 12725T 15835 16665 　 　 GU261706
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
X 242 326 4526 4613 8681 11744 11773 12218 12383 12410 14877 14957 15277 15943 16356 16442 　 　 　 　 　 GU261692
　
EFG 3941 16131
　 　
E 217 8079 8339 10978 11388 15445
　 　 　
E1 6764 6806 8473 12464
　 　 　
　 E1a 13569 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261712 KF954727
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 12690 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003318
　 　 　
　 E1b 686
　 　 　 　
　 　 　 @243 1525+A 8783 12008 15835 　 　 　 　 　 　 　 GU261694
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 342 14220 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003319
　 　 　
　 E1c 330
　 　 　 　
　 　 　 222 1297 13227 　 　 　 　 　 　 　 　 AY235571 KF826490
　 　 　 　
　 　 　 207 238 @246 12705 14046 　 　 　 　 　 　 　 HQ857210
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 @246 5375 15505 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261686
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 199 6236 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261713
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 10814 10996 11797 13542 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261709
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 2022 11187 15362 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AY235570
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 6437 13257 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003580
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 2027 2361+C 　 　 　 　 　 　 　 　 　 AP003317
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
E2 224 @246 1174 2886 2890+2C 9870C 11040 12200 14712 14871 16356 　 　 　 　 　 　 HQ857209
　 　
E3 249 355 8796 9014 9794T 15545
　 　 　
　 E3a 222
　 　 　
　 　 3050 5749 　 　 　 　 　 　 　 　 　 HQ857212
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 281 686 8137 12819 14468 15951 　 　 　 　 　 　 　 HQ857211
　 　
　 E3b @246 344 3099 9587 10255 12224 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261708
　 　
FG @315 16339
　 　
F 234 236 254 317C 904 7385 7463 10115 11573 14034G
　 　
F1 396 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261691
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 347 10300 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261702
　 　
F2 11531
　 　 　
　 　 342 12247 12830 15734 　 　 　 　 　 　 　 GU261689
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 5299 6000 10229 15443 15471 　 　 　 　 　 　 　 GU261703
　 　
F3 @246 686
　 　 　
　 　 12167T 13509 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261717
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 6799 8903T 　 　 　 　 　 　 　 　 DQ648776
　 　
F4 265 15992A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261688
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
F5 4325 11024 13949 14847C 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261711
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
G @212 296A 302 6236 7031 7475 11504 15017 15232 @16131
　 　
G1 6536
　 　
G1a 322
　 　 　
　 　 9914 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261719
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 　 362 4395 @16596 　 　 　 　 　 　 　 GU261690
　 　
　 13706A 　 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261676
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
　 281 317C 391A 686 11656 16556 　 　 　 　 　 　 　 GU261710
　 　
G2 322 347 1988 4229 13328 　 　 　 　 　 　 　 　 GU261678