| Cattle and aurochs mtDNA tree Build 1 (Jun 1, 2014) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Nucleotide position numbers are relative to the V00654 (BRS). Mutations are transitions unless an exact base change is specified. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coding region mutations (np 364-15791) are shown in black; control region mutations (np 15792-16338 and 1-363) in blue. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mutations toward a base identical-by-state to the V00654 are indicated with the prefix @. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deletions are indicated by a "d" after the deleted nucleotide position. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Insertions are indicated by a "+" followed by the position number and type of inserted nucleotide(s). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Undetermined mutatiions are noted by "N". | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Suffix "H" indicates heteroplasmy. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| The mutations 16084,16085 were not considered for phylogenetic reconstruction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| The length variations in the C tract scored at np 221 (221+C, 221+CC,221+CCC) and 363 (363+C, 363+CC, 363d, 363G, 364+G), as well as the A tract scored at np 1600 (1599d, 1600d, 1600+A, 1600+AA) were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| The mutations 216,231+C,234+T,16200+A and 16202+G likely due to sequencing errors in Horsburgh,K.A et al. PLoS ONE (2013) are not considered. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Accession numbers of sequences are in bold and italic for extinct aurochs (ancient DNA). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mt-MRCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RPQT | 248 518 737 1869 2953 2977 2988 2990 3051 3071 3325 3335 3535 3793 3874 3985 4000 4562 4730 4769 4871 5285 6379 6460 7358 7830 7851 8210 8308 9038 9602 10039 10066 10137 10322 10849 11068 12178 12433 12513 12672 12924 13275 13437 13554 13584 13689 13882 13909 14129 14138 14255 14411 14416 14897 15146 15308 15326 15579 15593 15605 15629 15751 16049 16058 16074 16082 16138 16247 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PQT | 8 @169 296 2979 3439 3600 6772 7330 7514 8188 8494 9005 9978 10331 11134 11419 11842 12234 12469 12622 12684 12801 12900 13056A 14825 15617 15818 16057 16121 16137 16248 16301 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| QT | 106 166 249 300 3550 5743 5890 6436 7356 10691G 15951 16122 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Q | 3238 3415T 7918 8318 10717A 10927 11089 12433 14108 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Q1 | 1457 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Q1a | 243T 11766 13620 16112 | FJ971082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8617 13506 @15627 | FJ971083 | HQ184034 | HQ184035 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 470 5716 6658 7830 12480 15090 15098A 16196 | HQ184039 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 8405 11476 12377 12730 12877 12924 13819 16058 16079 | HQ184036 | HQ184037 | HQ184038 | EU177866 | EU177867 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Q2 | 6436 15156 15921 | FJ971080 | FJ971081 | HQ184033 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8879 | HQ184030 | HQ184031 | HQ184032 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T | 2558 5501 8370C 11000 12468 12675 12750 14036 15134 15627 15953G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1'2'3'6'7 | 13005 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1 | 16050 16113 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a | 2055+C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a1 | 11188 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8 | JN817315 | JN817332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 173 4112 | JN817335 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a2 | 3404 10561 12730 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a2a | 7297 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15654A | JN817342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16139 16302 | JN817337 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13162 | JN817333 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a3 | 9838 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 754 6386 14325 | JN817314 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4165 8233 8249 11789 16133 16231 | JN817331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a4 | 4740 7320 9602 16119 16167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8 1298 | JN817317 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8158 11954 | JN817340 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a5 | 7066 12474 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 352G 2023 7509 9806 12450 16141 16164 | JN817338 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3544A 3940 | JN817318 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a6 | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5015 5225 5812 13123 13671 14692 14903 15525 | JN817336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2078 10274 16058 16108 16122 | JN817308 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a7 | 106 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1a7a | 8667 | JN817344 | EU177845 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1840 8196H 8859 | JN817345 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8959 15713d 16076 16115 | EU177846 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16016 | JN817341 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4157 7027 8405 11428 14427 16139 16147 | GU947020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3682 4451 11026 15062 16246 16247 | JN817303 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9684 12900 13423 15214 16302 | JN817347 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2582 10601 11022 14580 15974 | JN817316 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 663 10517 13059 13896 16260 | JN817312 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 709 9443 10855A 16264 | JN817339 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 9918 13683 | EU177843 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6046 15082 | EU177844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 266T 13878 | JN817313 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b | 7542 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1 | 16022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1a | 178 14756 | JN817350 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5636 16291 | JN817351 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b | 14523T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1 | 13201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a | 16056 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a1 | 16147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8H 16138 | JN817349 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2965 9431 12360 16302 | JN817305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a2 | 12469 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a2a | 179 1481 10460 12468 | KF163089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3153H | KF163094 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5225 12402 14771 16057 | KF163075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a3 | 190 497 8710 12525 13300 16316 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a3a | 12468 12469 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a3a1 | 16122 | KF163062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6475 | KF163080 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a3a2 | 3069 @16255 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8188 | KF163066 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4361 14051 | KF163065 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a3a3 | 3270 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1a3a3a | 12361 | KF163069 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4840H | KF163068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16121 16122 | KF163078 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 216Y @12469 | KF163071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3481 | KF163090 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 173 | KF163067 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7622 13260 | KF163070 | KF163091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 249 13005 15951 15953G | KF163085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16122 | KF163086 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 173 | KF163079 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3069 16057 @16255 | KF163064 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1075C 6391 9095 16121 | KF163077 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3270 7514 @7542 12361 | KF163083 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1c | 16148 | KF163074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1b1c1 | 12468 12469 | KF163088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15156 @16148 | KF163073 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9100 14531 14990 15844 @16050 @16255 | JN817302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1c | @16050 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8348 12227 16122 | JN817324 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3965 14747A 16248 | DQ124399 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1b1d | 6050 14348 | KF163087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12468 12469 | KF163061 | KF163076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15419 | EU177842 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16301 | KF163063 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4945 10577 11530 13371A 15846 16301 | JN817334 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 3208 15147 15326 | JN817320 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13395 16057 16068 | KF163084 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9501 13260 | KF163092 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 106 7816 14051 15946 @16050 @16255 | JN817327 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4139 5896 6703 9134 9656 9729 10603 13293 13982 16247 | JN817348 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1c | 16122 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1c1 | 16196 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1c1a | 16053 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1c1a1 | 1324 11542 16139 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13882 | JN817309 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16316 | JN817310 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 106 1874 7655 9068 16016 | JN817322 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10893A 15462 | JN817311 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10528 10795 14457 14819 16133 | JN817346 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1c1b | 15964 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4975 6932 8891 12252 | EU177847 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3875 11473 16079 16127 16200 | JN817300 | JN817301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 352G 1879 4347 4880 6017 8326 9720 12405 12728 15419 15956 | JN817323 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3875 8523 8862 10325 11452 12651 @16122 | EU177848 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 24 3404 5030 9675 14384 14598G 15326 15809 | JN817307 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10244A @16050 | JN817319 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5186 8794A 12360 13731 16055 | JN817328 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10496 10924 11789 16135 16206 | JN817325 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2190 8332 11961 15098 15156 16112 | JN817326 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4586 6025 9906 10907 15460 16121 | KF163072 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1d | 6235 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1d1 | 4856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11455 | JN817330 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8 9512 10514 16248 | JN817321 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6331 7760 15147 | JN817304 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10347 10657 12468 16121 | KF163081 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 106 1591 3189 | JN817298 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 249 4370 6451 7398 11068 | JN817299 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1e | 8 @16050 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15939 16248 | JN817306 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9560 15396 | EU177841 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10597 11476 12984 13857 14325 15995+X(CATTAATGTAATAAAGACATAA) 16074 @16113 @16255 | KC153973 | KC153975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1f | 12492 @16113 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3361 9636 11848 14210 14609 15410 | JN817343 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7755 9383 14043 15090 15404 | JN817329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T1g | 299 3682 9201 12468 12469 16260 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16248 | KF163082 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16247 | KF163093 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T2 | 6202 6742 10708 16057C 16185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T2a | 1499 5238 8802 9383 11287 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4356 | DQ124393 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @6202 15595 | DQ124396 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T2b | 5146 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16128 | EU177855 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 173 @6202 8245 10259 16049 16113 | EU177856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1323 1694 2599 3718 4781 7398 10601 15157 16058 16248 16301 | EU177857 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T2c | 2085 3190 9987 11734 14579 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 169H 9480 13396 15194 | EU177860 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 2747 6314 8984G | EU177861 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T2d | 16074 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1459 2558 11101 12651 15796 15985 | EU177851 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16067 16121 | EU177852 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 170 3940 5156T 5761 10350 13751 16050 16141 | EU177853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1651 9500 14402 16062 16247 16301 | EU177854 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 174 8514 11368 15556 16008C 16122 | DQ124383 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @587+C 3559 3560G 4106 4325 5853 7958 12270 14416 | HQ025805 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4953 5632C 16131 | EU177849 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7850 13201 16058 16125 | EU177850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 119 120 166 3349 3850 6403 8475 9308 10660 11830 12292 12504 12765 13480 15883d 16080 16231 | EU177858 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1553 4975 6205 8860 16139 | EU177859 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5601 12543 15417 16077 16260 | AY676856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3 | 16255 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3a | 12158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3a1 | 16042 16093 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3a1a | 15510 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 | DQ124418 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @587+C 3559 3560G 4497G 4537 5718 5754 5853 7994 11233 | AY526085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T4 | 16302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T4a | 11174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6688 7703 8210 12492 14907C | DQ124372 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9119 13231 16074 | DQ124375 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7865 16049 16057 16104 16164 | DQ124377 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 11008 | DQ124392 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5376 10467 13509 14057 | DQ124400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 352G 5597 | DQ124401 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16116 | DQ124412 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 9778T | DQ124417 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3a2 | 8710 9480 16049 16119 | DQ124371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3b | 14063 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3334 3850A 4769 11734 12223 16127 | DQ124385 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6573 6994C | DQ124416 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3c | 12728 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1481 8169 9020 10385 | DQ124409 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 8166A 10888 14132 16248 | DQ124410 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3d | 13899 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3d1 | 5156 13689 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16141 | AY676861 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1132 16302 | AY676871 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 166 536 566 8925 | GU947019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3e | 10882 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 190 12234 15579 16069 16141 | AF492351 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5224 8830 11512 13485 16138 | KC153974 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3f | 15985d 16057+A 16074A 16076 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3f1 | 9729 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 5042 | GU947008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5224 13782T | GU947014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| T3f2 | 190 1863 2630T 3808 5042 7239 9062 9236 16068 | GU947011 | GU947013 | GU947016 | GU947017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| T3f3 | 10460 16147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| T3g | 5716 13518 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2053 4754C 4755C 5602 7009 7165H 12023 12176 13089A 16136 16223 16226C | GU947021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 173 5144 7123 8405 10600 12036 15934 | AY676864 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3h | 10741 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 814 2145 3302 3871 8925 13401 | DQ124390 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 106 @169 3544 | DQ124411 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3i | 1066+A 9447 14078 14561 15215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| T3j | 13524 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 312A 8880 10870 16042 | EU177830 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3k | 12908 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3k1 | 10889 15910 16055 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3086 3796 9096 | EU177837 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1132 2569 6619 9729 16112 16167 | DQ124376 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 106 3727 14580 16042 16093 | DQ124386 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3l | 3341 7622 12023 12173 14036 15964 | EU177833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 8286 13628 | DQ124380 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 8 1193 3718 5220A 10991 15329 16067 | DQ124374 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8916 12801 16022 16135 | AY676873 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 2078 2700+C 6133 8652 9515 12209 14464 16229 | EU177826 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 11672 12159 13695 13743 16074 16140 16250 | EU177827 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 106 1552 4337 4385 5141 14291 16127 16247 | EU177828 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 173 809 3875 16231 16232 | AY676868 | AY676869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| T3r2 | 1090 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 119 4094 9068 16141 | EU177817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5542+A 6568 11749 13164 13401 13830 13854 15836 16042 | EU177818 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3313 9729 12021 13770 15273 16062 | AY676858 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 3343 8710 12165 14906 15635 16247 | DQ124413 | AY676866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| T3r5 | 173 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1491 6930 9729 13173 16301 | DQ124415 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15595 | DQ124407 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5138 7135 8382 13554 15961 16057 | AY676865 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3r6 | 352G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9134 12158 | GQ129208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 222 9074 9116C 10347 15740 16000 16141 | AY676862 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 166 4742 16131 | GQ129207 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3187 | HM045018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 639 1481 11083 | AY676863 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 587+C 2536A 9682C 13310C | V00654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3302 6820 9257 13140 15877 | EU177815 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 163 564 10696 11026 12450 16022 | EU177816 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T3s | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 513 4820 15092 16066 16109 | EU177836 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13255 15987+GGACATAACATTAATGTAATAAAGACATAACATTAATGTAATAA 16076 16135 | JQ967333 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 16133 | EU177832 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4058 8061A 8063A 8064A 8067 13732 16051 16061 16129 | KF926377 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 685 14562 16112 | AY676859 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 177 16049 16050 | KC153972 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2125 3784 16248 | DQ124406 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5471C 12234 15207 16069 | DQ124414 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 35 7571 7610 9176 14126 16110 | DQ124404 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 735 1520 5072 6080 11529C 15939 | DQ124405 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5045 7628 7918 9969 10460 15155 15492 15961 16147 | AY676860 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 6730 14847 15579 16205 | AY676855 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 235 3280 6334 9602 | KC153976 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3379 12173-12175d 14745 16086 | DQ124387 | DQ124395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1290T 6017 8898 13470 14178 | EU177831 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 13878 14153 | EU177835 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 351+G 1858+A 6688 7192 14366 16301 | EU177838 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8240 11185 11800 16108 16302 | EU177839 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T6 | 106 7931 11899 12923T 13374 14063 16109 | AY676870 | AY676867 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T7 | 3709T 8638 9303 16074 | EU177840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T5 | 163 4252 12981 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T5a | @169 8024 9089 9232 10879 15882 16197 | EU177862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 12780 | EU177863 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| T5b | 9894A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7658 | EU177864 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 204 1290T 8045 16137 | EU177865 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| P | 190 222 301 1128 1481 2585 3379 4676 5156 5899 6160 7952 7994 8236 8358 10126 11140 12016 12377 13821 14129T 14873 15673 15994 16049 16051 16058 16074 16231 16264 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| P1 | @106 @166 12433 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| @169 2145 4252 4293 11740 12469 12525 14580 16019 16121H 16141 16301 | GU985279 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3188 3302 6451 13539 15471 @16051 | JQ437479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| P2 | @169 173 2171 4252 4293 5681 11468 12738 @15627 15714H 16247 | DQ124389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R | 780 893 2042 2568 4190 4853 6079 6118 6475 6983 7359 9176 9659 9864 11392 11755 12045 13154 13260 13458 13506 14000 14624 14906 14951 15065 15900 16076 16127 16135 16231 16250 @16255 16264 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R1 | 173 201 3302 4361 5614 5935 6160 7931 8767 9480 10927 13128 13717 14051 14457 15624 15846 | HQ184040 | HQ184041 | HQ184042 | HQ184043 | HQ184044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R1a | 15579 | FJ971086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 15951H 15953H | FJ971085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5146 6850 | FJ971084 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| R2 | 24 4628 4975 6538 8520 9805 10984 11200 11749 13089 14531 14841 15984T 16199+A 16200 | FJ971087 | HQ184045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| I | 206 232 233 761 816 1158 1474 1492 1677 1824 1860A 2016 2099 2989 3136 3145 3241 3379 3829 3931 3976 4328 4442 4733 4937 5531 5614 5783 5917 5998 6115T 6235 6340 6367 6727 6881 6922 7304 7361 8045 8168 8285 8466 8503 8571 8749 8984 9068 9245 9581 9767 9891 9930C 10153 10268 10445 10590 10621 11035 11200 11266 11329 11407 11803 12135 12377 12923T 13098 13104 13380 13433 13564 13677 13692 13908A 14066 14120 14315 14503 14606 14858 15105 15287 15563 15741 15959 15994 16022 16102 16109 16113 16116 16117 16119 16130 16143d 16147 16196 16229 @16255 16300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| I1 | 173 722 2575 2634 4988A 8194 8514 9302 9480 10071 13101A 13371 13628 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3355 7892 15587 | AY126697 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2321A | EU177868 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3310 12137 15157 | FJ971088 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| I2 | 39 3316 10888 10933 14369 16141 16232 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7946 | AF492350 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4310 7499 10688 12339 | EU177870 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 173 5273T 6496 14232 14831 16050A | EU177869 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||